游戏开局时能否顺畅，很大程度上取决于初始的决策与准备。玩家一开始身处家中，可以直接选择初始宝可梦，关东地区的御三家为妙蛙种子、杰尼龟和小火龙。许多有经验的训练家会推荐选择综合潜力与成长值更出色的小火龙。一个关键的技巧是在选择前先存档，以便查看宝可梦的性格，如果不满意可以读档重选，直到获得理想的性格为止，这能为后续的冒险奠定坚实的基础。选好精灵后，宿敌小茂会立刻提出对战，并且他会特意挑选属性克制你的精灵，这是流程中第一个容易让新手受挫的点，战胜他后，玩家才算真正踏上旅程。在早期探索中，及时从电脑中获取免费道具如伤药，以及按照指引从商店拿到交给大木博士的包裹以换取宝可梦图鉴和精灵球，都是顺利开局不可忽视的步骤。
玩家需要挑战各个道馆并解锁新的道路，其中存在几个容易卡住的关键节点。当抵达枯叶市准备挑战电系道馆时，会发现道馆大门紧闭，馆内设有机关，必须连续找到并调查两个特定的垃圾桶才能激活开关，开启通往馆主的道路，这是设计上的一个小解谜，不了解的话会在此处耗费大量时间。另一个常见阻碍出现在道路通行上，从枯叶市向右行进时，道路会被一只沉睡的卡比兽挡住，此时不能硬闯，正确的做法是暂时绕道，通过11号道路上的地鼠洞通行，这连接了另一片区域。在探索诸如冠军之路或月见山等洞穴时，携带并学会使用秘传技能闪光来照亮黑暗的洞穴至关重要，该技能可以在特定条件下由博士的助手赠予。
特定道具的获取和使用时机是贯穿流程的另一条主线，错过或误用可能导致剧情无法推进。一个典型案例是火红茶叶及其制成的火红茶。要获得茶叶，玩家需要前往浅红市找到一位特定的老奶奶并与她对话。拿到茶叶后，它并非直接使用的消耗品，其核心作用是作为互动道具。玩家需要将茶叶交给彩虹市某公寓大楼里的老奶奶换得火红茶，再将火红茶交给城镇路口把守的警卫，才能被允许通行，前往有卡比兽阻挡的城市区域。类似的关键物品还有从正辉处获得的船票，它是登上圣安奴号豪华游轮、触发海上剧情事件的唯一凭证。这些道具的获取链条往往环环相扣，需要玩家留意与每一位NPC的对话内容。
游戏进入中后期，地图复杂度增加，对玩家方向感和解谜能力的要求也随之提高。冠军之路作为通往联盟的最后试炼，内部是一个多层洞穴迷宫，遍布需要推动的岩石机关。通过这里的诀窍在于有耐心地按顺序推动石块，将其精准地推入地面上的白色标点位置以开路或消除石墙，每一步都需规划路线，稍有不慎就可能需要绕远路或重新开始。在完成主线获得第七枚徽章后，会触发前往七岛的新剧情。要前往第二岛，首先需要乘船抵达第一岛，完成岛上火箭队游戏厅的相关事件解救研究员，之后才能在码头解锁航线。到达第二岛后，同样会遇到卡比兽挡路的问题，而唤醒它所需的精灵笛则需要返回紫苑镇的精灵塔顶层获取，这种跨区域的任务关联性要求玩家对已完成的地图有清晰的记忆。
除了主要剧情流程，游戏中还有一些涉及宝可梦培育与获取的子系统，如果处理不当，也可能影响玩家的整体进度和队伍构建。想要获得吉利蛋这类稀有宝可梦，需要知晓其仅出现在梦幻岛或宝石洞穴等特定地点，并且出现几率极低，耐心和正确的捕捉策略（如使用诱捕球）是关键。对于需要特定条件进化的宝可梦，或者希望通过生蛋来获得更强潜力后代的玩家，则需要找到游戏内专门的设施，如位于华蓝市南部四号道路上的饲养屋。了解这些功能设施的位置和作用，可以帮助玩家更高效地强化自己的队伍，避免在盲目探索中浪费过多时间。
