要从三之岛离开并推进剧情，核心是完成寻找二之岛小女孩小迷的任务，之后便可乘船返回之前的岛屿或继续主线。完成三之岛的主线后需要返回二之岛交还陨石，从小迷父亲处获得月之石奖励，再乘船回到一之岛与正辉会合，最终返回红莲岛继续后续冒险。
前往三之岛需要满足特定的前置条件。你必须先完成关都地区的主线剧情，即收集八枚徽章并成为联盟冠军，之后大木博士才会给你开启岛屿任务。首先需要从枯叶市码头坐船前往一之岛，在一之岛的宝可梦网络中心从正辉的朋友阿锦处获得陨石和三岛通行证。随后在一之岛完成诸如探索灯火山捕获火焰鸟等任务，其中可能需要用到岩石粉碎技能。
拿到通行证后，从一之岛码头坐船前往二之岛。在二之岛的游戏厅会触发寻找小女孩小迷的剧情，这是前往三之岛的直接线索。此时再前往二之岛的码头，与船员对话就能选择三之岛作为目的地。登船后即可出发，船上可能遇到一些训练家可供对战练级。
抵达三之岛后，下船从码头出发，沿着右边道路前进会看到绊桥，那里有训练师和道具。但推进剧情的关键是往左上方走，进入树果森林寻找小迷。森林里会有自称暴走族的训练家拦路，需要击败他们。森林深处被一只素利拍占据，需要赶走它才能继续寻找。在森林左上角找到小迷后，需要与她的37级索利伯对战，胜利后会自动触发剧情将你带回二之岛。
树果森林地形较为复杂，可能需要用到冲浪和怪力等秘传技能。建议队伍中至少携带一只40级以上的主力宝可梦以应对突发对战，特别是索利伯具有较强的精神攻击能力。由于区域跨度大且训练师密集，应提前备足伤药和状态恢复药品。探索山洞等区域时，闪光技能有助于照明。
若想从三之岛返回之前的岛屿，最直接的方法是使用飞行技能快速传送。如果尚未学会飞行，则需要前往三之岛的港口寻找开往一之岛或二之岛的船只，与船员对话选择目的地即可。需船只班次可能与剧情进度挂钩，如果暂时无法乘船，请检查是否已完成三之岛解救小迷等关键任务。在洞穴或森林中迷路时，可以使用逃脱绳或会瞬间移动的宝可梦返回最近的宝可梦中心。
