口袋妖怪火红二周目可获取的特殊技能包含二周目专属秘传机、定点NPC教学招式、隐藏一次性招式学习器三大类，主要分布在七岛群岛全域、关都地区遗留隐藏点位、华蓝洞窟周边区域，其中七岛是二周目特殊技能的核心收集区域，同时关都各大城市、道路内还藏有一周目容易遗漏、二周目解锁条件满足后才能领取的对战向特殊招式，集齐这类技能既能解锁全地图探索权限，也能补强对战阵容的技能搭配短板。
二周目推进七岛主线时最先解锁关键秘传类特殊技能，HM06碎岩在一之岛灯火山脚下的温泉小屋内，与屋内老者对话即可直接领取，该技能能够击碎地图内开裂岩石，打通七岛多条隐藏支路与关都冠军之路的隐藏通道；HM07攀瀑坐落于四之岛冻瀑洞窟内部，深入洞窟下层区域抵达东侧岩壁点位拾取，习得之后可攀爬游戏内所有竖向瀑布，是进入华蓝洞窟捕捉超梦的硬性前置技能，没有该招式无法抵达洞窟深处。二周目解锁彩虹通行证之后，依次探索二至七岛的支线场景，二之岛民居内存在招式回忆师，消耗树果就能让宝可梦找回已经遗忘的专属遗传招式与基础关键技能，属于功能性极强的特殊技能补充手段；七岛最北侧区域的训练家NPC可定点传授剑舞这类强力强化招式，单次传授机会仅能给一只宝可梦学习，搭配物攻手宝可梦能大幅提升实战输出上限。
关都本土区域在二周目解锁完整通行权限后，多处点位可拾取一周目错过的稀有一次性特殊技能机，浅红市狩猎地带全域在二周目没有进入次数限制，第一片区水域周边能捡到TM11放晴，第三片区内部可拾取替身技能机，浅红市饲养屋旁的少年NPC还能定点教学替身招式，适配消耗型对战玩法；紫苑镇、玉虹市同样存在优质特殊技能获取渠道，玉虹市游戏厅可积攒代币兑换大字爆、影子球等高威力特攻招式机器，百货大楼顶楼使用饮品道具还能兑换光墙、反射盾这类辅助防护类特殊技能，金黄市希鲁夫公司内部五层西南房间藏有TM01气合拳，是近战宝可梦的核心蓄力输出招式，二周目重新进入公司内部即可轻松拾取，无需重复推进火箭队剧情。除此之外，红莲镇研究所内研究员NPC可定点教学模仿招式，该招式能够复制对手当场使用的技能，对战随机性与战术性极强，属于实战里辨识度很高的特殊招式。
除固定拾取与NPC赠送的技能之外，二周目还能依靠特色玩法稳定获取小众特殊技能，拥有捡拾特性的宝可梦在野外游走时有概率随机拾取力量、觉醒力量这类技能机，关都冠军之路二层东北角角落藏有冰雹技能机，适合构建天气体系阵容；16号道路、4号道路等高台区域还有百万飞踢、岩崩等物理招式的定点教学NPC，抵达高台需要借助冲浪、怪力开路，二周目秘传技能齐全后通行毫无阻碍。收集这类特殊技能建议遵循先集齐七岛秘传机解锁全地图，再按关都城镇顺序扫荡定点教学，最后补齐商店兑换与野外拾取技能的路线，避免反复往返地图浪费时间，部分限定单次教学的招式需要提前规划适配宝可梦，不要随意浪费传授次数，最大化技能资源的利用效率。
