武魂殿最终在嘉陵关终极决战之后彻底灭绝，高层神级战力陨落，供奉殿、长老殿主力几乎全部阵亡，武魂帝国解体，遍布大陆的各地分殿被清除，完整的组织体系不复存在。在对应游戏玩法中，该结局并非单场boss战直接达成，需要玩家按剧情阶段逐步推进战役副本，完成多阶段的战斗目标，才能解锁武魂殿覆灭的完整结局，很多玩家卡在中途关卡，主要是忽略了阶段任务的联动机制，只专注于输出伤害，没有处理敌方的增援单位，导致战斗循环反复无法通关。
前期阶段需要通关猎魂行动、天斗宫变系列副本，逐步消耗武魂殿的外围势力，在玩法层面，该阶段副本会刷新大量武魂殿分殿魂师与附属宗门战力，玩家组队挑战时，优先击杀敌方的控制系与辅助系魂师，减少敌方的群体增益与续航能力，不要盲目强攻前排肉盾单位，副本会根据击杀进度解锁嘉陵关前置关卡，若未清理足够数量的外围敌人，进入嘉陵关副本后敌方会获得额外的属性加成，大幅提升通关难度。此阶段可以通过悬赏任务积累功勋，兑换强攻、控制类魂师碎片，补齐阵容短板，为后续对抗七大供奉做好战力储备，七大供奉是武魂殿核心中坚，在副本中会分批登场，金鳄斗罗等极限斗罗拥有高额减伤，需要利用破防类魂技破除护盾之后再打爆发输出。
进入嘉陵关决战副本之后，战斗分为普通军团作战、供奉团对抗、双神之战三个环节，军团环节需要玩家协同清理大批量普通魂师部队，阻断武魂殿援军通路，如果放任援军持续进场，场上敌方数量会不断膨胀。供奉对抗环节，七大供奉会轮番上阵，部分角色拥有复活机制，需要在短时间内接连击倒，不能逐个消耗拖长回合。最终开启双神之战关卡，对战天使神千仞雪与罗刹神比比东，副本内会触发分身机制，场上会同时出现比比东的两道分身，两个分身生命互相绑定，必须在限定回合内同时击倒，只击杀单一个体会触发分身重新恢复血量，陷入无限循环战斗，无法推进剧情结局。完成双神之战击杀两个神级boss之后，触发剧情动画，比比东战死，千仞雪神格破碎失去成神实力，武魂殿最高领导层彻底垮台。
完成双神之战并不代表直接完成灭绝目标，通关之后会解锁武魂城清剿的隐藏关卡，这是很多玩家容易遗漏的关键环节。关卡需要攻破教皇殿、斗罗殿两大核心建筑，击败残存的长老殿余党，才算真正瓦解武魂殿的整套架构。该关卡难度相比最终神战有所回落，但敌方多为高等级封号斗罗残部，擅长联手释放联合魂技，阵容上建议搭配驱散、群体控制魂师，打断敌方的合击技能。通关武魂城清剿关卡之后，结算面板会显示武魂殿势力清除进度达到百分之百，正式解锁武魂殿覆灭结局，同时可以领取对应副本的稀有魂骨、高阶魂环等通关奖励，如果跳过该隐藏关卡，剧情会停留在战败，不会触发完全灭绝的结果。
