通关一周目后，读取存档即可进入二周目剧情，初始位置位于真新镇自家门前。大木博士会主动前来询问图鉴收集进度，若已捕获至少60种宝可梦，博士会将关都图鉴升级为全国图鉴模式。这是触发后续七岛探索任务的核心条件，若未达标需先补全图鉴再与博士对话。完成图鉴升级后，前往精灵联盟会发现冰系天王科拿暂时离岗，需前往枯叶市码头乘船前往一岛展开新剧情。
抵达一岛后需前往网络中心与研究员对话，得知修复通信机器需要红宝石。从岛屿右侧冲浪进入灯火山区域，山顶洞穴内可遭遇火焰鸟，山脚处击败两名火箭队残党后进入隐藏洞穴获取红宝石。将红宝石交还研究员后，会解锁七岛航行权限并得知还需寻找对应的蓝宝石。此阶段需注意灯火山温泉可回复队伍状态，同时获取HM06碎岩技能以清除道路障碍。
前往四岛时会遇到劲敌小茂但不会触发战斗，在科拿住所右侧的冰瀑洞窟内需利用双层碎裂冰机制取得HM07攀瀑。登上瀑布后协助科拿击败火箭队成员，得知五岛存在火箭队仓库。五岛空地右侧的仓库需密码才能进入，而蓝宝石实际位于六岛的遗迹山谷——用居合斩开门后按上、左、右、下的顺序坠落洞穴底层即可发现，但会被NPC夺走并留下仓库密码。
携带密码返回五岛仓库击败火箭队干部夺回蓝宝石，再赴一岛完成机器修复。可自由探索七岛区域，包括训练师塔挑战和未知图腾遗迹解谜。最终在华蓝市洞穴解锁超梦捕捉剧情，同时需注意三神鸟的收服时机：闪电鸟在无人发电厂深处，急冻鸟需通过双子岛水流机关调整，火焰鸟则需在灯火山顶完成捕捉。二周目核心流程以七岛任务链与神兽收服为核心，期间需合理运用冲浪、攀瀑等秘传技能。
