孵蛋系统是培养宝可梦的重要机制之一。游戏内虽然没有现代作品中常见的孵蛋机这一具体设备，但孵蛋功能主要通过特定的地点和方式实现。玩家需要将两只兼容的宝可梦寄存在华蓝市的宝可梦培育屋，由培育屋老人代为照料并孵化蛋。培育屋位于华蓝市南部，靠近第四道路的入口处，是游戏中唯一提供孵蛋服务的场所。
孵蛋的前提是两只宝可梦属于相同的生蛋分组且性别不同，或其中一只是百变怪。将宝可梦寄存后，玩家需通过步行或骑行累积一定步数才能触发孵化。不同宝可梦的孵化步数差异较大，例如迷你龙的步数需求较高，而波克比的步数相对较少。孵化过程中，宝可梦的个体值和遗传技能会受亲代影响，因此选择高个体值的亲本能提升后代强度。
除了培育屋，玩家还需注意宝可梦的携带道具对孵蛋的影响。让亲代携带不变之石可以锁定性格遗传，而红线能增加后代继承个体值的概率。这些道具需要通过野外拾取或商店购买获得。火焰之躯特性的宝可梦（如鸭嘴火兽）放在队伍首位时，能大幅减少孵化所需步数，这是提高效率的常用技巧。
游戏中的孵蛋机制虽然简单，但涉及复杂的遗传规则和策略。玩家需要平衡时间成本和培育目标，例如通过多次孵化筛选高个体值宝可梦，或利用特性遗传组建对战队伍。由于火红版缺乏后续作品的便捷功能，如批量孵蛋或步数计数器，耐心和规划显得尤为重要。成功孵化的宝可梦将成为队伍中不可或缺的战力。
